Национальный институт
научного рецензирования

Предметом исследования авторы выбрали методы компьютерного моделирования взаимодействия бактерий, которые обычно не существуют обособленно, а образуют сообщества – биопленки, характеристики которых зачастую совершенно не совпадают с характеристиками отдельных индивидов – членов сообществ. Актуальность рецензируемой работы обусловлена тем, что обобщение накопленного в микробиологии экспериментального материала по биоплёнкам далеко не во всех случаях доведено до уровня разработки предсказательных моделей. Статья посвящена обзору существующих математических моделей биоплёнок как сложных бактериальных сообществ, в работе также рассмотрены программные компьютерные реализации этих моделей и перспективные направления развития данной научной области.
Методология исследования базируется на изучении современных источников информации по рассматриваемой проблеме, обобщении и систематизации научной информации.
Научная новизна представленного исследования, по мнению рецензента, заключается в систематизации разных типов моделей в данной предметной области, используемых для решения существенно различающихся по математическим формулировкам задач. Статья надлежащим образом структурирована, в ней выделены следующие разделы: Введение, Критерии классификации моделей, Нульмерные модели, Одномерные модели, Клеточные модели, Агентные модели, Актуальные проблемы современных агентных моделей биоплёнок, Заключение, а также Библиография.
Во введении приведены общие сведения о биоплёнках, обоснована актуальность исследования, показаны возможные сферы практического применения методов компьютерного моделирования биопленок. В статье приведено содержательное описание каждого класса вышеперечисленных моделей, авторам в целом удалось показать отличия и особенности моделей и их компьютерной реализации. Изложение материала сопровождается рисунками, наглядно иллюстрирующими суть соответствующих моделей, а также сводной таблицей с возможностями основных классов моделей биоплёнок. При рассмотрении актуальных проблем моделирования биоплёнок предложено промоделировать изучаемые подсистемы и всю бактерию в виде конечных автоматов, что, по мнению авторов, даст возможность понятного человеку описания с помощью системы логических продукционных правил, позволит упростить моделирование, снизить требования к квалификации разработчиков модели и расширить набор простых и мощных средств создания моделей для конечных пользователей-биологов.
Особое внимание в статье уделено анализу моделей сообществ синегнойной палочки – микроорганизма с высокой устойчивостью к антибиотикам из-за склонности этого вида к образованию биоплёнок, вызывающих осложнения после ранений в виде нагноений, абсцессов, ввиду чего исследование ориентировано на решение важных прикладных практических задач.
В тексте статьи имеются адресные ссылки на используемые литературные источники, что свидетельствует о наличии апелляции к оппонентам. Стиль изложения материала в целом соответствует применяемым в научных журналах подходам, позволяет сориентироваться в излагаемом материале специалистам различных областей знания, текст доступен также для понимания широкому кругу читателей без специальной подготовки.
Однако, рецензируемая статья не лишена спорных моментов, в частности, первое слово в наименовании статьи можно опустить, поскольку вряд ли стоит говорить о несуществующих методах.
Библиографический список отличается своей обширностью, включает 43 источника на английском языке и одну публикацию на русском языке.
Актуальность темы статьи, ее соответствие тематике журнала, возможный интерес со стороны потенциальных читателей, систематизированное изложение научного знания в области компьютерного моделирования биоплёнок, представление материала в наглядном виде, свидетельствуют о возможности опубликования рецензируемой статьи.